En 1988 una organización holandesa creó el primer sello de garantía de Comercio Justo. Poco después, otras organizaciones siguieron sus pasos lanzando sus propios sellos en distintos países. ¿Cuál era el objetivo? Identificar los productos para poder ampliar los puntos de venta más allá de las Tiendas de Comercio Justo. En 1997, las iniciativas nacionales se unificaron, creando un solo distintivo, el Sello FAIRTRADE, y una organización internacional para coordinarlo, FLO (Fairtrade Labelling Organisation), denominada ahora FAIRTRADE Internacional. En España, nace en 2005 como la Asociación del Sello de Productos de Comercio Justo, denominándose en la actualidad FAIRTRADE España.
En paralelo, existen otros Sellos que certifican que un producto es de Comercio Justo, aunque su implantación es mucho menor que la del Sello FAIRTRADE. Y sobre todo, estos otros sellos o bien hacen referencia a un aspecto concreto del Comercio Justo (como el sello Rugmark, que acredita la no existencia de trabajo infantil en alfombras) o bien son principalmente medioambientales (como el sello Rainforest Alliance).
Por último, hay iniciativas dirigidas a certificar organizaciones. La propia Coordinadora Estatal de Organizaciones de Comercio Justo (CECJ) establece un Sistema de Membresía y Acreditación: unos criterios de entrada y permanencia que toda organización de Comercio Justo que quiera pertenecer a ella, debe cumplir. En este caso, no se certifica el producto final, sino todo el trabajo de la organización.